Meski demikian, Andi Harun mengakui Bandara APT Pranoto masih memiliki keterbatasan infrastruktur, terutama terkait panjang landasan pacu (runway) yang belum memungkinkan didarati pesawat berbadan lebar (wide body) seperti Boeing 747 atau 777 untuk penerbangan jarak jauh.
Guna mengatasi kendala tersebut, Pemkot Samarinda intensif berkomunikasi dengan Kementerian Perhubungan. Pemkot mengharapkan dukungan penuh dari Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur agar panjang landasan pacu bandara dapat ditambah, sehingga Samarinda benar-benar siap menjadi bandara internasional yang mumpuni.